La historia nos presenta Maka Albarn y "Soul Eater" Evans; Death The Kid, Liz y Patty Thompson y a Black Star y Tsubaki Nakatsukasa; tres equipos estudiantes de Shibusen (siglas para "Escuela Vocacional para Técnicos y Armas de Shinigami" en japonés) en la ciudad de Death City. Los técnicos junto a su compañero arma tienen que recolectar 99 almas de kishins, almas corrompida por el mal o la locura y que están en la lista de la Muerte (Shinigami-sama), y el alma de una bruja. Así, las armas y técnicos pasen a ser de la categoría Death Scythe, que les permite obtener poderes y habilidades nuevas. Además, las armas pueden llegar a ser usadas también por Shinigami-sama. Llegar a este título no es fácil y las cosas se pueden complicar al aparecer la kishin más poderosa de todos, junto con la ayuda de una bruja y sus experimentos con la sangre.