Una solitaria nave, el Sidonia, baja por el espacio después de que se viera obligado hace 10 siglos abandonar el sistema solar. Las múltiples formas, casi indestructibles, pero apenas conscientes de vida alienígena que destruyeron mundo originario de la humanidad siguen siendo una amenaza existencial para estos. La humanidad ahora sobrevive a bordo de naves espaciales creadas a partir de los restos del planeta. Para defenderse de los Gaunas han creado las unidades mecanizadas denominadas Guardians. Toda aquella persona apta para la guerra es instruida en el manejo de estos mechas.